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Biostatisticien junior

Ecole d'ingénieur
Junior
   
94340 Joinville-le-Pont
Île-de-France
France


 

Objectifs

Mes recherches concernent particulièrement les secteurs d'activités :


Biologie / Physique / Chimie

Enseignement et Formation

Santé / Medecine / Pharmacie / Social



Appliquer mes connaissances en statisques et en informatique, me positionner parmi les acteurs de la recherche clinique.

Expérience

Depuis
Décembre 2008

Ingénieur Doctorant

Depuis Décembre 2008

Mission : Modélisation Toxicocinétique/Toxicodynamique pour la prédiction de risque de cancer de substances chimiques.

Juin 2008
Novembre 2008

Stagiaire biostatisticien

Juin 2008 - Novembre 2008

Mission : Etude des modèles marginaux structuraux pour l'estimation de l'effet causal d'une exposition type. Etude de simulation en cas de violation de l'hypothese ETA.

Moyens : Bibliographie:
[1] J.M. Robins. Marginal structural models versus structural nested models as tools for causal inference. In Statistical models in epidemiology, the environment, and clinical trials (Minneapolis, MN, 1997), pages 95–133. Springer, New York, 2000a.

[2] M.J. van der Laan and J.M. Robins. Unified methods for censored longitudinal data and causality. Springer,New York, 2002.

Programmation: SAS, R

Novembre 2007
Mars 2008

Approche bayésienne pour le classement

ENSAI

Novembre 2007 - Mars 2008

Mission : Implémenter une approche semi-paramétrique bayésienne pour le classement d'observations.
Etudier les performances de classement cette méthode.
Etudier la sensibilité à l'a priori de cette méthode et proposer des éléments d'amélioration.

Moyens : Bibliographie:
[1] P. Frederic, M. P. Wand and R. J. Carroll Attributing a
paleoanthropological specimen to a prehistoric population :
a bayesian approach with multivariate B-spline functions.

[2] D. Ruppert, G. D’Amore and E. Pacciani Semiparametric
Regression, Cambridge Series in Statistical and
Probabilistic Mathematics, Cambridge, United Kingdom,
2003.

[3] J. S. Simonoff Smoothing methods in statistics, Springer,
New York, USA, 1996.

Programmation: R

Bilan : Le rapport est disponible à la demande.

Juin 2007
Septembre 2007

Stagiaire biostatisticien

Statistique et Génome

Juin 2007 - Septembre 2007

Mission : Mon travail sous la direction G. Nuel a consisté à implémenter et valider la procédure d'estimation de la fonction de score par un modèle de pair HMM.

Moyens : Bibliographie:
[1] S. Bengio. An asynchronous hidden markov model for audio-visual speech recognition. Technical Report IDIAP-RR 02-26, IDIAP, 2002.

[2] R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison, Biological sequence analysis, Probabilistic models of proteins and nucleic acids, Cambridge University Press 2002.

[3] G. Nuel, B. Prum, Analusye statistique des séquences biologiques, modélisation markovienne, alignements et motifs, Lavoisier 2007.

Programmation:
C++, Statistiques avec le logiciel R.

Bilan : Ce stage m'a permis d'acquérir de nouvelles connaissances en biologie et en calcul scientifique. J'ai pu par ailleurs élaborer une application informatique actuellement utilisée pour esitimer des fonctions de scores. Il m'a fallu être pugnace pour réaliser ce travail de recherche. Mon rapport est disponible sur le site de G. Nuel.

Avril 2007
Juin 2007

Etude statistique de l'expression génique différentielle

ENSAI

Avril 2007 - Juin 2007

Mission : Comparer deux méthodes de détection de gènes différentiellement exprimés: la méthode bayésienne Limma (package limma en R) et la méthode structurale développée à l'unité de génétique quantitative de l'INRA (Institut National de la Recherche Agronomique).
Construire un réseau de régulation des gènes différentiellement exprimé grâce à un modèle graphique gaussien, puis analyser la robustesse de ce réseau.
Ce projet a été supervisé par F. Jaffrézic.


Moyens : Bibliographie:
[1] F. Jaffrézic, G. Marot S. Degrelle, I. Hue, J-L. Foulley, A structural
mixed model for variances in differential gene expression studies,
Jouy en Josas, France, 2006.

[2] Gordon K. Smyth, Linear Models and Empirical Bayes Methods for
assessing Differential Expression in Microarray Experiments, Statistical
Applications in Genetics and Molecular Biology, Volume 3,
Issue 1, 2004.

[3] Rainer Opgen-Rhein and Korbinian Strimmer, Learning causal networks
from systems biology time course data: an effective model selection proce-
dure for the vector autoregresssive process, BMC Bioinformatics, Tuusula,
Finland,3 May 2007.

Programmation: R

Bilan : Mise en application les méthodes de rééchantillonage (bootstrap). Mise en place d'un plan de simulation en R. Le rapport est disponible à la demande.

Janvier 2006
Février 2007

Responsable Qualité

ENSAI junior Consultant

Janvier 2006 - Février 2007

Mission : Au sein d'une équipe de 14 Junior entrepreneurs, mon rôle consiste à établir des process d'organisation interne et de rédiger un manuel qualité.

Bilan : J'ai pu construire des indicateurs mesurables de la qualité, notemment des indicateurs statistiques provenant des questionnaires qualité distribués à nos clients.

Formation

Depuis
Décembre 2008

Ecole Doctorale ABIES

Depuis Décembre 2008

Doctorat modélisation toxicologique.

Septembre 2005
Décembre 2008

ENSAI

Septembre 2005 - Décembre 2008

Ecole Nationale de la Statistique et de l'Analyse de l'Information. Formation en ingénierie statistique.
Spécialisation : Biostatistique

Septembre 2003
Juillet 2005

Lycée Stanislas

Septembre 2003 - Juillet 2005

Classe Préparatoire aux Grandes Ecoles. Préparation du Concours Commun Polythechnique (CCP).
Spécialisation : Mathématiques-Physiques (option Informatique)

Septembre 2002
Juillet 2003

Lycée Notre Dame d'Afrique

Septembre 2002 - Juillet 2003

Terminale C
Spécialisation : Baccalauréat Scientifique série C

Informatique

Logiciels

SAS 9.1 (versions précédentes)
SPAD (5.0 et 6.0)
Word, Excel, Powerpoint.
R 2.3.0

Langages

Java 1.5
SQL
C, C++

Informations complémentaires

J'ai occupé pendant un an le poste de responsable informatique de la Junior Entreprise de l'ENSAI (EjC)

Langues

  • Français

    Niveau oral : Maternelle ,  Niveau écrit : Maternelle
  • Anglais

    Niveau oral : Courant ,  Niveau écrit : Courant
  • Espagnol

    Niveau oral : Scolaire ,  Niveau écrit : Scolaire

Divers

Basketball

Je pratique le basketball depuis plus de 6 ans. J'ai joué en position d'ailier droit dans les équipes de mes différents établissements scolaires et universitaires.

Danse

Je pratique la salsa cubaine en club depuis un an.

Musicien

J'ai créé un groupe de rock-funk dans lequel je chante et je joue de la guitare depuis deux ans.
Nous avons d'ailleurs joué en première partie du groupe As de Trèfle à Rennes en 2006.